Sein Vater starb an einem Autounfall, als er zwei Jahre alt war, seine Mutter wanderte mit ihm nach New York City aus. Dort wuchs er in den Slums von Manhattan's Lower East Side auf. Sein erster Job war Träger und Laufbursche in dem neuen Lebensmittelladen seines Stiefvaters, welcher eher ein Vorwand für Spirituosen und Biertrinker war. Später wurde er Rausschmeißer in einer Bar.

Als Teenager wurde Torrio Anführer der Jugendband James Street Gang. Er sparte genug Geld zusammen, um eine Billard-Bar für die Gruppe zu eröffnen, aus welcher heraus sich illegale Aktivitäten wie Glücksspiel und Kredithandel entwickelten. Sein gewitzter Geschäftssinn fand bei Paolo Vaccarelli (bzw. Paul Kelly ), dem Anführer der bekannten Five Points Gang Bewunderung.

1905 wurde die James Street Gang in die Five Points Juniors umgewandelt, eine Art Übungsplatz für zukünftige Five Pointers und Torrio wurde möglicherweise Kelly's zweiter Mann. Torrio bewunderte Kelly, welcher ihm viel über Organisiertes Verbrechen lehrte. Er überzeugte den jungen Mann, sich konservativ zu kleiden, mit dem Fluchen aufzuhören und einen legitimen Unternehmer vorzugeben. Torrio lernte viel von Kelly, was er auch in dem Laufe seiner Karriere benutzte und wegen seiner Gerissenheit und diplomatischen Art bekam er den Spitznamen The Fox (Der Fuchs).

Bald jedoch gründete Torrio eine eigene Splitter-Organisation in den Brooklyn Docks. Diese führte seriöse Geschäfte, legte aber Wert auf Italienische Lotterie, ergänzt von Einkommen vom Buchmachen, Kredithandel, Entführungen, Prostitution und Opium-Handel. Torrio bezahlte häufig jüngere Nachbarsjungen, um Botengänge für ihn zu erledigen. Einer dieser Jungen war Al Capone, welchem er bald großes Vertrauen schenkte. Capone war Mitglied der Juniors, stieg bald zur Five Points Gang selbst auf und Torrio stellte ihn als Barkeeper in dem Harvard Inn an, einer Bar auf Coney Island, die seinem Geschäftsfreund Francesco Ioele (bzw. Frankie Yale) gehörte.

1909 wurde Torrio von seiner Tante, Victoria Moresco, die dort eine sehr erfolgreiche Bordellwirtin war, nach Chicago vorgeladen. Das Leben ihres Ehemannes, Jim Colosimo (Big Jim), Gangsterboss und Zuhälter wurde von Erpressern der Black Hands bedroht, welche sich mit ihm anlegten, seitdem er erfolgreich war. Torrio vereinbarte eine Zahlung an die Black Hands, aber als sie versuchten, es einzusammeln, wurden sie von Torrios Revolvermännern angegriffen.

Yale wurde Torrios stellvertretender Leiter und kümmerte sich um die New Yorker Geschäfte des Fuchses, als jener abreiste. Torrio wurde Verwalter von Big Jim's Hauptquartier, Colosimo's Cafe in der 2126 South Wabash Avenue. 1919 würde er einen neuen Saloon, Glücksspielschuppen und Bordell, Four Deuces, direkt an der 2222 South Wabash Avenue gelegen, eröffnen und seine Operationen nach dort verlagern. Er heiratet ein jüdisches Mädchen namens Anna Jacob, das er innig liebte und nie betrog, obwohl er sie niemals seine Geschäfte wissen ließ.

1918 kontaktierte Frankie Yale Torrio und bat ihn, Capone nach Chicago zu nehmen; "Scarface" war auf der Flucht vor einer Mordermittlung, bzw. dem rachsüchtigen Bill Lovett, und musste seinen Ruf reinigen. Capone schloss sich der Bande als Türsteher in einem Bordell Johnnys an und stieg bald auf, um Manager des Four Deuces zu werden. Zwei Jahre später wurde die Prohibition erlassen, welche Herstellung, Verkauf und Konsum von alkoholischen Getränken verbot. Torrio realisierte sofort den immensen Profit, den Schmuggel erbringen würde und drängte Colosimo, in dem Geschäft einzusteigen. Big Jim zeigte jedoch kein Interesse. Er war mit der Zuhälterei zufrieden und spürte, dass eine Ausdehnung in weitere Gebiete ca. die Polizei und rivalisierende Gangs auf den Plan rufen würde. Dazu kam, dass er sich in die Sängerin Dale Winter verliebte, wegen der er sich von Victoria scheiden ließ, und sie drei Wochen später heiratete. Sie überzeugte ihn, ein ruhigeres Leben zu führen, sich konservativer zu kleiden und aus den Nachrichten herauszubleiben. All dieses, glaubte Torrio, war ein ernstes Hindernis für das Gangstergeschäft. Mit Befürwortung von Colosimos Verbündeten, den Genna- und Aiello-Brüdern, lud er Frankie Yale nach Chicago, um Big Jim zu töten. Der Mord fand am 11.05 1920 in dem Hauptfoyer von Colosimos Cafe statt. Niemand wurde jemals angeklagt, durch den Mord übernahm Torrio das gewaltige kriminelle Reich seines Onkels und riskierte den Schmuggel von Alkohol.

Im Verlauf der 1920er waltete Torrio, mit Capone als seinen Leutnant, über die Expansion seines Outfits, welches Millionen vom Glücksspiel, Prostitution und nun dem Alkoholschmuggel einbrachte. Sowohl das Loop, Chicaogs Innenstadt, als auch die South Side kamen nach und nach unter Kontrolle. Es war auch beZieligt, die profitable Gold Coast anzuschließen, was den Zorn der North Side Gang, geleitet von Dion O'Banion nach sich zog. Anfang 1923 gelang Torrio eine Übereinkunft fast sämtlicher Gangs Chicagos, die nun mit dem groß angelegten Alkohol-Kartell zusammenarbeiteten. Die Genna-Brüder allerdings verstießen gegen Torrios Kartell, sie dehnten ihr Gebiet aus, zwischen O'Banion und den Gennas drohte ein Krieg auszubrechen. Bei der Razzia in einer Brauerei in dem Mai 1924 verriet O'Banion den ahnungslosen Torrio, dem eine Gefängnisstrafe drohte. Auch wegen dessen Hitzköpfigkeit ließ Torrio am 10. November 1924 Dion O'Banion in seinem Blumenladen durch Frankie Yale, John Scalise und Albert Anselmi töten. Dieser Mord löste einen Bandenkrieg zwischen den North und South Sides aus, der noch das Jahrzehnt andauern sollte.

O'Banions Freund und Bandenmitglieder (Hymie Weiss, Vincent Drucci und George Moran) waren besessen, Rache wegen des Mords an ihrem Anführer zu üben und hätten am 24.01 1925 beinahe Erfolg gehabt. Torrio und Anna kamen gerade von einer Einkaufstour zu ihrem Apartment in der 7106 South Clyde Avenue zurück, als ein Kugelhagel von Weiss und Moran sein Auto zersiebten. Sein Fahrer wurde in dem Bein getroffen, Torrio selbst wurde in Unterleib, Kiefer und Lunge getroffen. Moran gingen die Kugeln aus, als er ihm den Gnadenschuss verpassen wollte. Daraufhin gab Drucci den beiden das Zeichen zur Flucht.

Einer Notbehandlung unterzogen, erholte sich Torrio langsam aber sicher von seinen Verletzungen. Capone ließ den Fuchs rund um die Uhr bewachen, um sicher zu gehen, dass sein geliebter Mentor geschützt war. Während der gesamten Tortur erwähnte Torrio niemals die Namen der Angreifer. Nach seiner Entlassung war er wegen Verletzung der Prohibtion ein Jahr in dem Gefängnis, zog sich dann von seinen Machenschaften zurück. Er übergab das Outfit seinem zweiten Mann, Capone, und zog mit seiner Ehefrau und seiner Mutter nach Italien.

"Papa Johnny" kehrte in den 1930ern in die Staaten zurück, um in Capones Gerichtsverhandlung auszusagen. Er riet auch, Unterweltbossen wie Lucky Luciano in New York City, dass sie ein riesiges Verbrechersyndikat aufbauen sollten, anstatt viele kleine Banden zu haben, die sich gegenseitig in die Haare kriegen. Seine Idee war willkommen und er fand großen Respekt, da er als ein "elder statesman" (erfahrener Staatsmann; meist in dem Ruhestand, dessen inoffizieller Rat gesucht wird) in der Welt des organisierten Verbrechens angesehen wurde. Als Luciano das Konzept umsetzte, wurde das National Crime Syndicate geschaffen. In späteren Jahren kehrte Torrio nach Amerika zurück, um in der Stadt zu leben, in der er aufwuchs: New York City. Am 16. März 1957 bekam er beim Frisör einen Herzinfarkt, dem er mehrere Stunden danach erlag. Die Medien fanden bis drei Wochen nach seiner Beerdigung nichts über seinen Tod heraus.